در پی شهادت مجاهد بزرگ آقای اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی حماس حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی ضمن تسلیت شهادت این رهبر شجاع و مجاهد برجسته به امت اسلامی و جبهه مقاومت و ملت سرافراز فلسطین تاکید کردند: رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست با این اقدام زمینه‌ی مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود می‌دانیم.

 متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

 بسم الله الرحمن الرحیم انا لله و انا الیه راجعون 

ملت عزیز ایران! رهبر شجاع و مجاهد برجسته‌ی فلسطینی جناب آقای اسماعیل هنیه در سحرگاه دیشب به لقاء‌الله پیوست و جبهۀ عظیم مقاومت عزادار شد. رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست، میهمان عزیز ما را در خانه‌ی ما به شهادت رسانید و ما را داغدار کرد، ولی زمینه‌ی مجازاتی سخت برای خود را نیز فراهم ساخت.

 شهید هنیه سالها جان گرامی‌اش را در میدان مبارزه‌ئی شرافتمندانه بر سردست گرفته و آماده‌ی شهادت بود، و فرزندان و کسان خود را در این راه تقدیم کرده بود. او از شهید شدن در راه خدا و نجات بندگان خدا باک نداشت، ولی ما در این حادثه‌ی تلخ و سخت که در حریم جمهوری اسلامی اتفاق افتاده است، خونخواهی او را وظیفه‌ی خود می‌دانیم.

 اینجانب به امت اسلامی، به جبهه مقاومت، به ملت شجاع و سرافراز فلسطین و بالخصوص به خاندان و بازماندگان شهید هنیه و یکی از همراهانش که با وی به شهادت رسیده است، تسلیت عرض می کنم و علوّ درجات آنان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.

سید علی خامنه‌ای ۱۰ مرداد ۱۴۰۳ مصادف با ۲۵ محرم ۱۴۴۶